养殖废水的预处理主要是通过物理处理的办法进行固液分离，将废水中的粪便、纤维素、猪毛发等。其主要处理方法有格栅、沉淀池和隔离池等。
UASB(升流式厌氧污泥床反应器）厌氧处理，在反应器的底部有个高浓度、高活性的污泥层大部分的有机物在这里被转化为CH4和CO2。由于气态产物(消化气)的搅动和气泡黏附污泥,在污泥层之上形成一个污泥悬浮层。反应器的上部设有三相分离器,完成气、液、固三相的分离。被分离的消化气从上部导出,被分离的污泥则自动滑落到悬浮污泥层。出水则从清区流出。
缺氧池是指溶解氧控制在0.2~0.5毫克每升之间的生化处理系统，其主要起反硝化去除硝态氮的作用，同时去除部分BOD，还能提高废水的生化性。好氧生物处理以活性污泥法为主，废水通过曝气池内的活性污泥将有机物和氮去除，也可去除部分无机盐和吸附悬浮固体等。